29일 오후, 정운찬 국무총리가 총리직 사임을 표명했다. 정 총리는 정부중앙청사에서 기자회견을 열고, 세종시 수정안 부결 등에 대한 책임을 이유로 사퇴한다고 밝혔다. 그는 “국가 백년대계를 위해 세종시 수정안을 마련했지만 이를 관철하지 못한” 점이 자책감을 불러일으켰다고 고백하면서, “모든 책임과 허물을 제가 짊어지고” 국무총리 자리를 떠나게 되었다고 밝혔다. 한편 재임 10개월간 자신이 무력했다고 고백하면서도, 용산참사에 대해서 만큼은 자신이 적절하게 대처했다고 자평했다.

정 총리의 사퇴에 대해 진보정당들은 대체로 시큰둥한 분위기다. 민주노동당은 정 총리의 재임기간을 “방탄 총리”로, 진보신당은 “아바타 총리”로 호칭하며 정권의 꼭두각시가 교체되는 것 뿐이라는 입장이다. 민주노동당은 “결코 정운찬 총리의 사퇴로 이명박 정권의 과오가 덮어질 수 없다” 면서 “또다시 꼭두각시 총리, 방탄 총리를 임명한다면 국정혼란은 피할 수 없을 것이며 정권 레임덕은 더욱 가속화될 것”이라고 주장했고, 진보신당은 “세종시 수정안용으로 임명된 정운찬 총리의 사퇴는 6.2지방선거 참패와 세종시 수정안 국회부결 직후에 즉각적으로 단행되었어야”했다며 오히려 사퇴가 너무 늦었다는 입장을 밝혔다.